Pieņemtie noteikumi paredz, ka turpmāk ES fondu komercdarbības atbalsta projektu īstenotājiem gan ES fondu, gan valsts budžeta līdzfinansējuma daļu atmaksās, negaidot, kamēr ES fonda līdzekļi tiek saņemti no Eiropas Komisijas (EK).

Līdz šim komercdarbības atbalsta projektos plānoto valsts budžeta līdzfinansējuma daļu finansējuma saņēmējam izmaksāja līdz izdevumu deklarācijas iesniegšanai EK, savukārt ES fonda līdzfinansējuma daļu tikai pēc tam, kad saņemti atpakaļ ES fonda līdzekļi no Eiropas Komisijas. Tādējādi uzņēmējiem finansējuma atmaksa bija jāgaida vismaz trīs mēnešus.

Tāpat noteikumi paredz, ka tiem finansējuma saņēmējiem, kuriem maksājumu pieprasījumi būs iesniegti un apstiprināti no atbildīgās iestādes (ministrijas) vai sadarbības puses (aģentūras), kā arī būs iesniegti Valsts kasē līdz kārtējā gada 25.septembrim, atmaksu saņems tajā pašā gadā, bet tie, kas pēc 25. septembra, - nākamajā gadā. Šāds ierobežojums nepieciešams, lai samazinātu potenciālo negatīvo ietekmi uz budžeta deficītu.

Vienlaikus FM izskatīšanai valdībā virzīja noteikumus par valsts budžeta finansējuma nodrošināšanu 2010.gadam ES struktūrfondu un Kohēzijas fonda projektiem, kuriem ir piešķirts komercdarbības atbalsts.

Šie noteikumi paredz jau konkrētu finansējuma sadalījumu, tomēr pēc Zaļo un zemnieku savienības ministru vienota uzstādījuma šis jautājums tika izņemts no dienas kārtības un par to vēl tiks diskutēts koalīcijā.

Plānots, ka komercdarbības atbalstam pieejamais finansējums būs 27 409 464 latu apmērā, tai skaitā Ekonomikas ministrijai 25 243 514 latu apmērā līgumsaistību izpildei un Satiksmes ministrijai 2 165 950 latu apmērā projektu īstenošanai.

Lai to nodrošinātu FM rosina samazināt valsts budžeta finansējumu Izglītības un zinātnes ministrijas pārziņā esošajām 2007.-2013.gada plānošanas perioda ES fondu aktivitātēm un projektiem par 1 483 103 latiem.

Tāpat rosināts samazināt Finanšu ministrijas pārziņā esošo 2007.-2013.gada plānošanas perioda ES fondu aktivitāšu finansēšanai programmā rezervētos līdzekļus par 17 967 latiem, bet Kultūras ministrijas pārziņā esošos līdzekļus samazināt par 398 847 latiem.

Piedāvāts samazināt Labklājības ministrijas pārziņā esošo 2007.-2013.gada plānošanas perioda ES fondu aktivitāšu finansēšanai budžeta programmā rezervētos līdzekļus par 32 664 latiem, Reģionālās attīstības un pašvaldību lietu ministrijas pārziņā esošos līdzekļus piedāvāts samazināt par 726 576 latiem, bet Valsts kancelejai paredzētos līdzekļus - par 303 122 latiem.

Tāpat piedāvāts samazināt Veselības ministrijas pārziņā esošos līdzekļus par 318 903 latiem, bet Vides ministrijas pārziņā esošs līdzekļus samazināt par 3 707 678 latiem.

Vienlaikus FM rosina normatīvajos aktos noteiktajā kārtībā samazināt 2007.-2013.gada plānošanas perioda ES fondu projektu īstenošanai paredzētos līdzekļus Iekšlietu ministrijai par 33 399 latiem, Tieslietu ministrijai - par 96 400 latiem, bet Zemkopības ministrijai - par 255 905 latiem.

FM piedāvājums paredz uzdot Ekonomikas ministrijai nodrošināt tās pārziņā esošo ES fondu aktivitāšu un projektu finansēšanai piešķirto līdzekļu ietaupījuma 3 933 660 latu apmērā pārdali uz tās pārziņā esošo aktivitāšu projektiem, kuriem ir piešķirts komercdarbības atbalsts. Savukārt Satiksmes ministrijai uzdot nodrošināt tās pārziņā esošo ES fondu aktivitāšu un projektu finansēšanai piešķirto līdzekļu ietaupījuma 8862 latu apmērā pārdali uz tās pārziņā esošo ES fondu aktivitāšu projektiem, kuriem ir piešķirts komercdarbības atbalsts.